Ogni deviazione dei punti elencati dallo standard è da considerarsi difetto, la cui valutazione dovrebbe corrispondere esattamente al grado della deviazione stessa.

DIFETTI GRAVI
- Divergenze dalle caratteristiche della razza come descritte in precedenza che compromettono l'idoneità all'impiego;
- Difetti delle orecchie: orecchie attaccate troppo in basso; orecchie piegate, convergenti o deboli;
- Difetti rilevanti della pigmentazione;
- Notevole mancanza di solidità generale;
- Difetti dentari: tutte le deviazioni dalla dentatura a forbice e dalla formula dentaria, sempreché non si tratti di difetti da squalifica.

DIFETTI CHE COMPORTANO LA SQUALIFICA
- Cani con debolezza di carattere, cani mordaci, cani deboli di nervi.
- Cani con comprovata displasia grave;
- Cani monorchidi o criptorchidi, come pure quelli con testicoli palesemente diseguali o atrofizzati;
- Cani con deformazioni delle orecchie e della coda;
- Cani con malformazioni;
- Cani con difetti di dentatura per la mancanza di un 3ƒ premolare e di un altro dente, oppure di un canino, oppure di un 4ƒ premolare, oppure rispettivamente di un 1ƒ molare o di un 2ƒ molare, oppure complessivamente di 3 e più denti;
- Cani con difetti della mandibola: enognatismo di 2 o più mm, prognatismo, dentatura a tenaglia completa su tutti gli incisivi;
- Cani di taglia di 1 cm superiore al limite massimo e di 1 cm inferiore al limite minimo;
- Albinismo;
- Colore bianco (anche se con occhi ed unghie scure), blu focato, fulvo e fegato;
- Pelo lungo senza sottopelo.

Il Pastore "BIANCO" è un Pastore Tedesco: non è un meticcio.

Era ammesso dallo standard tedesco, anche se sgradito, fino al 1933.

E’ stato infatti selezionato a partire da soggetti "bianchi" importati negli Stati Uniti e in Canada nei primi decenni del 1900. L’aspetto e il carattere sono quelli tipici della razza, anche se i Pastori bianchi somigliano piuttosto ai cani di 30-40 anni fa. Anche se sembra bianco non è albino in quanto è un fulvo molto chiaro e per questo non è soggetto a patologie legate all'albinismo, come la sordità o le patologie della cute.

Negli anni Settanta alcuni allevatori svizzeri importano proprio dal Canada e dagli Stati Uniti dei Pastori bianchi. Nel 1980 inizia a diffondersi in molti paesi europei, compresa la nazione di origine, la Germania. Negli anni Novanta è iniziato un lento e difficile percorso per ottenere il riconoscimento ufficiale da parte della FCI come Pastore Svizzero Bianco.

Lo standard è uguale a quello del Pastore Tedesco,
Il pelo deve essere bianco (ricordiamo sempre che in realtà è un fulvo molto chiaro), senza macchie, con rima labiale, rima palpebrale, tartufo e polpastrelli neri, pelle preferibilmente scura. Le unghie dovrebbero essere nere. E’ ammessa ma non gradita una sfumatura miele.

I Pastori Tedeschi "BLU" nascono nelle cucciolate di nero/grigi focati a causa di una mutazione genetica: il blu è in realtà un pastore tedesco normale ma "scolorito", dovuto alla diluizione del pigmento nero del pelo. Questo significa che tutte le aree nere del mantello, il naso, le labbra e i polpastrelli risultano grigi. Anche le aree rosse hanno una tonalità più chiara, e gli occhi sono ambrati (a volte anche celesti).

In termini semplici, D è il gene dominante per la non-diluizione, d è l’allele recessivo per la diluizione. Tutti i Pastori Tedeschi hanno una combinazione dei due: "DD e Dd" avranno il mantello nero-focato, nero o grigio. I soggetti "dd" saranno blu o di altri colori diluiti.

Questo colore è considerato dalla Federazione Cinologica Internazionale un difetto da squalifica.

I Pastori Tedeschi "FEGATO" (o cioccolato) nascono nelle cucciolate di nero/grigi focati a causa di una mutazione genetica: il fegato è in realtà un pastore tedesco normale che, però, presenta il pigmento del pelo di colore marrone il pigmento del pelo che dovrebbe essere invece che nero. Questo significa che tutte le aree nere del mantello, il naso, le labbra e i polpastrelli risultano marroni. Anche gli occhi sono ambrati (a volte anche celesti), ma il gene non ha effetto sul fulvo delle focature.

In termini semplici, B è il gene dominante per il colore nero del pigmento, b è l’allele recessivo per il colore marrone del pigmento. Tutti i Pastori Tedeschi hanno una combinazione dei due: "BB e Bb" avranno il mantello nero-focato, nero o grigio. I soggetti "bb" saranno color fegato.

Questo colore è considerato dalla Federazione Cinologica Internazionale un difetto da squalifica.

I Pastori Tedesci "FULVI" sono soggetti depigmentati che presentano focature molto chiare, maschera e sella assenti o quasi, unghie bianche e mucose rosee-brunastre.

Molte persone li scambiano o li spacciano per "grigioni" (cioè per grigi focati) molto chiari, ma sono, invece, soggetti che mancano di pigmento ed è per questo motivo che secondo la Federazione Cinologica Internazionale (FCI) questa colorazione è considerata un grave difetto da squalifica.

Qualora si presentassero soggetti fulvi con maschera, unghie e mucose nere siamo al cospetto di soggetti "FULVO CARBONATO"(o Gold) (la colorazione del pastore belga malinois per intenderci) che non sono assolutamente esemplari depigmentati, ma possiedono una serie genetica Agouti diversa, quella "Ay", che è appunto propria del colore Fulvo, il gene dominante in assoluto di questa serie (domina sul grigio "Aw", sul nero focato "At" e sul nero recessivo "a").

Nella razza pastore tedesco questa colorazione non dovrebbe proprio esistere (di solito questi esemplari, spacciati per pastore tedesco "fulvo", "gold" o "grigione" sono invece il frutto di accoppiamenti con altre razze, tra cui appunto il malinois).